El explorador de nautiulus ahora ordena los archivos por default por nombre, y eso es algo que en lo personal no me gusta, busqué información de cómo solucionar esto o al menos regresar a la versión anterior, la solución es la siguiente:
Abrir una terminal e ingresar lo siguiente:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences default-sort-order type
Y con eso se ha solucionado el problema.
